В туманном сумраке северного острова Шэдоу-Мозес разворачивается мрачная симфония противостояния. Легендарный солдат Солид Снейк, некогда прославленный воин, а ныне отшельник, живущий в уединении на просторах Аляски, получает тревожное послание от старого друга, полковника Роя Кэмпбелла. Судьба человечества висит на волоске – элитная группа спецназа FOXHOUND захватила стратегическую базу по утилизации ядерного оружия, требуя от правительства США немыслимое: передать им останки величайшего солдата в истории, известного как Биг Босс.
Проникая в самое логово врага, Снейк начинает свою опасную миссию. Его путь усеян препятствиями и загадками. Первая встреча с заложником, Дональдом Андерсоном, раскрывает шокирующую правду: проект Metal Gear, который, как считалось, был закрыт, на самом деле продолжает своё существование. Андерсон, прежде чем покинуть этот мир от таинственного сердечного приступа, делится этой страшной тайной.
Вторая встреча с заложником, Кеннетом Бейкером, прерывается появлением загадочного Револьвера Оцелота. В этот момент судьба сводит Снейка с ещё одной таинственной фигурой – киборгом-ниндзя, который, казалось бы, появляется из ниоткуда, чтобы спасти героя, отрубив Оцелоту руку. Бейкер, подобно Андерсону, уходит в вечность, успев раскрыть тайну Metal Gear REX и указать путь к спасению – девушке по имени Мэрил Сильвербёрг.
Продвигаясь через минное поле и встречаясь с ужасающим Вулканом Рэйвеном, управляющим смертоносным танком, Снейк приближается к хранилищу ядерного оружия. Здесь его ждёт встреча с Грей Фокс – другом и противником, которого считали погибшим в Занзибарии. Судьба сводит героя с Хэлом Эммерихом, известным как Отакон – создателем Metal Gear REX, чья карточка доступа четвёртого уровня становится ключом к дальнейшим действиям.
В мрачных коридорах базы Снейк сталкивается с Психо Мантисом, чьи телепатические способности не могут противостоять решимости героя. Пробираясь через пещеры, населённые голодными волками, он встречается со Снайпером Вульф, которая ранит Мэрил, используя её как приманку. Снейк, вооружённый снайперской винтовкой PSG-1, возвращается за спасением Мэрил, но попадает в плен.
В кульминационный момент герой встречается лицом к лицу с лидером террористов – Ликвидом Снейком. Оцелот подвергает пленника пыткам, от исхода которых зависит одна из двух возможных концовок игры. В перерывах между мучениями Оцелот делится своей мечтой о возрождении величия России.
Снейк, благодаря помощи Отакона или Грея Фокса, освобождается и вступает в противостояние с Ликвидом, пилотирующим вертолёт Hind D. Преодолев множество препятствий, герой спускается в подземные глубины базы, где находится Metal Gear. Здесь, в решающей схватке с Ликвидом, раскрываются шокирующие тайны: оба они – клоны Биг Босса, созданные для идеальных солдат. Ликвид, наделённый рецессивными признаками, ненавидит Солида Снейка, получившего доминантные черты.
Финальная битва достигает своего апогея, где Ликвид, подобно Бейкеру и Андерсону, падает от сердечного приступа. В эпилоге, через разговоры по кодеку, Снейк узнаёт страшную правду: в его крови находится вирус FOXDIE, который методично уничтожает определённые цели.
Так завершается эта мрачная опера о клонах, предательстве и тайнах, где каждый персонаж играет свою роль в сложной симфонии судьбы, где грань между добром и злом размыта, а истина часто скрывается в тени.